En todas y en cada una de las operaciones japonesas durante la segunda guerra chino-japonesa (1937-1945) hubo miles y miles de hombres y mujeres que fueron torturadas, violadas y asesinadas.
Las atrocidades continuaron durante toda la guerra, pero fueron leves, en muchos sentidos, en comparación con lo que pasó en la Unidad 731, ubicado en Pingfan, Manchuria, en las afueras de la ciudad de Harbin. El general Shiro Ishii fue puesto al mando del lugar que los japoneses llamaron Unidad de prevención de epidemias y suministro de agua de la Unidad del Ejército de Kwantung. En realidad era un campo de muerte.
La Unidad 731 tuvo un complejo de 150 edificios. Una parte de este compuesto, Ro bloque, se reservó para los experimentos con prisioneros humanos vivos. Los prisioneros eran llevados y utilizados como conejillos de indias. A hombres, mujeres y niños asiáticos y caucásicos se les llamaban "Maruta", que significa "troncos de madera".
Los prisioneros de guerra fueron sometidos a vivisección sin anestesia
Las vivisecciones fueron realizadas a prisioneros infectados con diversas enfermedades. Los científicos llevaron a cabo cirugía invasiva en los cautivos, eliminando órganos para estudiar los efectos de la enfermedad sobre el cuerpo humano. Estas fueron practicadas mientras los pacientes estaban vivos, porque se creía que el proceso de descomposición afectaría los resultados. Entre los presos infectados y viviseccionados se encontraban hombres, mujeres, niños y lactantes. Las vivisecciones fueron también perpetradas en mujeres embarazadas, algunas veces preñadas por los mismos doctores, y los fetos eran extraídos. Las extremidades de los prisioneros eran amputadas con el fin de estudiar la pérdida de sangre. Estos miembros quitados fueron algunas veces vueltos a unir del lado contrario del cuerpo. Otras veces las extremidades de los prisioneros eran congeladas y amputadas, mientras otros miembros eran congelados y después descongelados para analizar los efectos de la gangrena y la putrefacción resultantes sin tratamiento. A algunos prisioneros se les extrajo quirúrgicamente el estómago y se les ligó el esófago a los intestinos. Partes del cerebro, pulmones, hígado, etc., fueron extirpadas de algunos prisioneros.
Algunos prisioneros fueron deliberadamente infectados con: el cólera, la fiebre tifoidea, el ántrax, la peste, la sífilis. Otros fueron cortados mientras se encontraban aún con vida para ver lo que sucedía en las etapas sucesivas de la fiebre hemorrágica. A otros se les extrajo su sangre y se sustituyo con sangre de caballo. Muchos otros fueron muertos a tiros, quemados con lanzallamas, volados con explosivos y dejados para que desarrollaran gangrena, bombardeados con dosis letales de rayos X, Algunos prisioneros fueron colgados cabeza abajo para observar cuánto tiempo les tomaría asfixiarse. A otros les fue inyectado aire en las arterias para determinar el tiempo que tardaban en mostrar los síntomas iniciales de una embolia. A algunos cautivos se les inyectó orina de caballo dentro de sus riñones. Otros fueron privados de alimentos y agua para precisar la duración de tiempo hasta la muerte. Otros presos fueron situados dentro de cámaras de vacío hasta que morían. Otros tantos fueron expuestos a temperaturas extremas desarrollando congelamiento, siendo analizado cuánto duraba el cuerpo humano sobreviviendo con tal tormento, además de determinar los efectos de la putrefacción y la gangrena sobre la carne humana. Algunos experimentos fueron realizados para definir la relación entre la temperatura, quemaduras y supervivencia humana. Unos cuantos prisioneros fueron puestos dentro de centrífugas, haciéndolos girar hasta morir. En cámaras de gases fueron probadas varias armas químicas, usando siempre personas. Fueron inyectadas burbujas de aire en el flujo sanguíneo de otros prisioneros para simular una apoplejía. También se inyectó agua de mar en otros tantos cautivos para determinar si podía servir como sustituto de la solución salina.
Dos presos fueron puestos en una dieta de agua y galletas y luego trabajaron sin descanso, caminando por el complejo cargado sacos de arena de veinte kilos en la espalda hasta que uno cayó muerto. Uno duró más tiempo que el otro - alrededor de dos meses-. Esto se supone que era una investigación sobre la desnutrición.
De todos los miles de prisioneros de guerra a la Unidad 731, ni un solo prisionero sobrevivió. Hasta el último hombre fue sacrificado. También es un hecho que los japoneses tenían planeado masacrar a toda la población reclusa en caso de que su territorio fuera invadido.
Muchos de los científicos implicados en el escuadrón 731, continuaron con sus prominentes carreras en política, educación, negocios y medicina. Algunos fueron arrestados por las fuerzas soviéticas y procesados en los juicios sobre crímenes de guerra de Jabarovsk; otros que se rindieron a los estadounidenses, les fue otorgada amnistía a cambio de acceder a la información recopilada por estos.
Debido a su brutalidad, las acciones del escuadrón 731 han sido hoy en día, enunciadas por las Naciones Unidas como crímenes de guerra.
Las operaciones y los experimentos continuaron hasta el final de la guerra. Shiro Ishii tenía el deseo de utilizar las armas biológicas en el conflicto del Pacífico desde mayo de 1944, pero sus tentativas fracasaron en varias ocasiones por la pobre formulación de planes y la intervención aliada. Con la invasión rusa de Manchukuo y Mengjiang en agosto de 1945, la unidad tuvo que abandonar su trabajo de prisa. Los miembros y sus familias huyeron a través de Manchuria y China para volver a Japón.
El 18 de septiembre de 1931, es una fecha que vive en la infamia en China: ese día, los japoneses realizaron lo que hoy llamamos una operación de Falsa Bandera: fingieron un ataque a su propio ferrocarril en su sector de Manchuria, culparon a los chinos, y utilizaron el incidente como pretexto para invadir toda esa región, a la cual re-bautizaron Manchukuo instalando un gobierno títere regido por el último emperador chino, Henry Pu Yi.

Ishii ordenó a cada integrante del grupo a llevar el secreto hasta la tumba, amenazando con encontrarles si fallaban e impidiendo a cualquiera que trabajase en puestos públicos en Japón. Frascos con cianuro de potasio fueron repartidos para emplearse en caso de que capturaran al personal restante.